מרפאת גן החיות כוללת חדר ניתוח ובו ציוד אבחוני, מכשור מעבדתי לבדיקות השונות, חדרי הסגר ואשפוז. המקום מותאם למתן טיפול לכול בעלי החיים המצויים בגן החיות.
הרפואה המונעת מהווה גורם חשוב מאד ברפואת חיות הבר ותוכניות הטיפול המונע מקיפות את נושאי החיסונים, לדוגמה כלבת או טטנוס, וטיפולים תרופתיים תקופתיים, כמו תילוע או טיפולים בטפילים חיצוניים.
בדיקות תקופתיות מתבצעות לבעלי החיים השונים ובמהלכן נשקל בע"ח , נלקחות בדיקות דם וצואה, ובמידת הצורך מבוצעות בדיקות רנטגן, אולטרסאונד, בדיקת שיניים או ובדיקות נוספות.
הסגר – כניסת בע"ח חדש לגן החיות מלווה בהימצאותו בהסגר עד תום ביצוע בדיקות ראשוניות וזאת על מנת למנוע כניסת מחלות מדבקות לגן החיות.
טיפולי חירום – כל שינוי התנהגותי, כל דיווח של המטפל האישי, שינויים בתיאבון, שינויים במצב הרוח, שינויים בצריכת המים שינויים בכסות הגוף מצריכים מעקב וטיפול שכן הם עשויים להתריע על אפשרות תחלואה.
תזונה – רבייה, גדילה, בעיות התנהגותיות, ותחלואה עשויים להיות גם תוצאה ישירה של תזונת בעלי החיים ומכאן החשיבות הגדולה לשמירה על תזונה נכונה. תזונתם של בעלי החיים בגן נבחנת בקפידה ולכול מין נבנה תפריט המתאים לו, הכולל גם את פריטי המזון השונים וגם תוספי תזונה.
ווטרינר גן החיות חבר בארגון האירופי של ווטרינרים של גני חיות וחיות בר (EAZWV ) ומקיים שת"פ פורה עם ווטרינרים בגני חיות האחרים בארץ ובעולם ועם נציגי הרשויות הרגולטוריות הרלוונטיות.